Được chuyển thể từ trò chơi cùng tên trên hệ máy PlayStation2. Câu chuyện bắt đầu khi Minato đang trên đường trở về thành phố mà cậu đã sống 10 năm trước đây để theo học tại Trung học Gekkoukan. Không lâu sau đó, cậu bị những sinh vật gọi là Shadows tấn công - những sinh vật gặm nhấm linh hồn con người. Cậu sớm nhận ra rằng mình cũng có khả năng đặc biệt giống như một số bạn cùng trường. Họ nói cho cậu biết về sự tồn tại của "Dark Hour", khoảng thời gian ẩn giữa một ngày và ngày tiếp theo. Cậu gia nhập SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad) và cùng với những người bạn mới đối đầu với Shadows.