Trong thế giới của Shaman King có những shaman (pháp sư), là các phù thủy có thể điều khiển được các linh hồn. Mỗi pháp sư có một linh hồn đi kèm để hỗ trợ. Cứ 500 năm 1 lần sẽ có một đại hội thi đấu giữa các pháp sư để chọn ra một vua pháp sư. Người này sẽ có được linh hồn vĩ đại của Trái Đất để giúp thế giới. Tuy nhiên 2 cuộc thi đấu gần đây nhất đã bị phá hoại bởi một pháp sư tên là Asakura Hao. Manta là một cậu bé ...
Sau khi mặt đất bị hủy hoại, nhờ những lời cầu nguyện của Thánh Maiden mà các thành phố của Aether Novus đã được bay trôi nổi trên bầu trời. Nhiều năm sau, khi những lời cầu nguyện của các Thánh Maiden bị dừng lại, một sự cố được gọi là "Gran Forte" đã xảy ra, làm thành phố bị ngăn cách và chia làm hai...
Lịch Đế quốc năm 2718, Nhật Bản sụp đổ trong trận chiến chống lại Majinki, bằng sự khủng bố đến từ bầu trời với những đạo quân nửa nửa thú vật và nửa máy móc. Làm tổn thương lẫn nhau, những giá trị luân lý bị bẻ cong, không nhìn thấy tương lai, con người vật lộn từng ngày để tồn tại. Chiến tranh đã hủy hoại 70% giống nòi loài người nhưng chính trong bóng đêm ấy đã xuất hiện 7 thành viên của bộ lạc XILE để cứu giúp loài người. ...
Theo chân nhân vật Kanoe Zouichi và Kanoe Fuyu (hệ thống trên xe), được cử đến bởi tổ chức đầy quyền lực Yion/Ion Green để giúp đỡ con người và chống lại sự lây nhiễm của virus N5S đang lan rộng khắp thế giới.
Tuy nhiên, sứ mệnh của họ bị ngăn cản bởi đội y tế công thuộc cục lực lượng đặc biệt, các thành viên của Yion lại đang bị bắt cóc.
Vậy liệu họ có hoàn thành sứ mệnh của mình? Và mục đích của Yion/Ion Green được thực hiện ? ...
