Sau khi mặt đất bị hủy hoại, nhờ những lời cầu nguyện của Thánh Maiden mà các thành phố của Aether Novus đã được bay trôi nổi trên bầu trời. Nhiều năm sau, khi những lời cầu nguyện của các Thánh Maiden bị dừng lại, một sự cố được gọi là "Gran Forte" đã xảy ra, làm thành phố bị ngăn cách và chia làm hai...
Theo chân nhân vật Kanoe Zouichi và Kanoe Fuyu (hệ thống trên xe), được cử đến bởi tổ chức đầy quyền lực Yion/Ion Green để giúp đỡ con người và chống lại sự lây nhiễm của virus N5S đang lan rộng khắp thế giới.
Tuy nhiên, sứ mệnh của họ bị ngăn cản bởi đội y tế công thuộc cục lực lượng đặc biệt, các thành viên của Yion lại đang bị bắt cóc.
Vậy liệu họ có hoàn thành sứ mệnh của mình? Và mục đích của Yion/Ion Green được thực hiện ? ...
