900 năm sau cuộc chiến khải huyền... Một cuộc chiến khác lại bắt đầu giữa một bên là thế lực mang trong mình huyết thống và sức mạnh của Ma cà rồng (Methuselah) và bên kia là loài người (Teran). Một cuộc chiến không cân sức? Ai là kẻ thắng, ai là kẻ thua? Kết cục của cuộc chiến sẽ đưa vận mệnh của thế giới đến một tương lai mới...
Trong thế giới, tồn tại những sinh vật kỳ lạ, họ là những con vật có quyền ban 1 điều ước cho các cô gái, đổi lại, sau khi điều ước thành sự thật, các cô gái phải trở thành 1 puella magi với khả năng sử dụng phép thuật để chiến đấu chống lại phù thủy (những sinh vật chịu trách nhiệm gây ra cái chết và tự tử cho nhân loại). Trong thành phố mitakihara, Kyubey ...
Tiếp theo phần I, cũng bắt đầu với Jun Sakurada nhưng đã là một sinh viên đại học. Anh làm việc bán thời gian ở một hiệu sách. Tình cờ anh xem một quyển tạp chí có tên "How to make a girl"(tạm dịch : "Cách tạo ra búp bê"). Và câu truyện xưa lại tiếp tục....
