Mặc dù một triết học gia thế kỉ 19 (Nietzsche) từng nói “Chúa chết rồi”, câu chuyện Rakia có sự xuất hiện của chúa ở Trái Đất vào thế kỉ 21 với vẻ ngoài là một cô gái. Vào cuối thế kỉ 21, ở sa mạc Nevada Mĩ. Một gia đình đang tận hưởng chuyến đi. Người cha dừng lại để hỏi thăm một ông gia có vẻ đang gặp rắc rối. Khi mà vấn đề được giải quyết người cha quay lại xe, nhưng họ vẫn phải chờ con gái họ, Hazuki Luna, người phải đi vệ ...
Trong thế giới, tồn tại những sinh vật kỳ lạ, họ là những con vật có quyền ban 1 điều ước cho các cô gái, đổi lại, sau khi điều ước thành sự thật, các cô gái phải trở thành 1 puella magi với khả năng sử dụng phép thuật để chiến đấu chống lại phù thủy (những sinh vật chịu trách nhiệm gây ra cái chết và tự tử cho nhân loại). Trong thành phố mitakihara, Kyubey ...
Năm người bạn từng học chung thời trung học trong khi tham dự buổi họp mặt cựu học sinh đã biến mất. Khi tỉnh lại, họ thấy mình đang ở trong một cái công-te-nơ. Có ai đó đang muốn họ nhớ lại những gì họ đã quên đi.
Năm 2010, Seta Souji chuyển đến 1 thị trấn nhỏ và ở nhà chú cậu ta trong lúc ba mẹ đang làm việc ở nước ngoài. Tuy không thân thiện cho lắm nhưng cậu ta vẫn có vài người bạn, và họ cùng nhau đều tra về những vụ án mạng bí ẩn trong thị trấn.
