Sau khi giành chiến thắng trong trận đối đầu với người máy, loài người đã phải trú ẩn và cách li ra khỏi những vùng đất khô cằn được tạo nên bởi sự thiệt hại từ cuộc đối đầu.
Ám Hành Ngự Sử xảy ra tại một vùng đất hư cấu ở Jushin, phỏng theo Triều Tiên thời phong kiến. Ở Jushin, đã từng có những đại diện bí mật của chính quyền được gọi là những ám hành ngự sử, những người cải trang đi du hành khắp đất nước. Họ được nhà vua giao nhiệm vụ tìm kiếm và trừng phạt những tên quan lại đồi bại, ăn hối lộ và mang lại công lí cho người dân.
Hóa chất chết người, con chuột thí nghiệm, các đột biến gen và một trường hợp bí ẩn của cái chết. Pháp sư - những người có thể nhìn thấy và chữa trị người chết...
