Một tổ chức khủng bố bí ẩn ở Tokyo, có tên là ALICE đang chống lại chính phủ. Để cùng đưa bọn tội phạm này ra ánh sáng, cảnh sát đã tung ra một "vũ khí bí mật": một cô gái trẻ có một quá khứ bí ẩn có tên là Kasumi Asakura. Vẻ ngoài cô rất thơ ngây, trong sáng, nhưng không ai biết cô có thể di chuyển rất nhẹ nhàng ...
Các đây rất lâu, bên ngoài khoảng không gian xa xôi, tồn một hành tinh xanh biếc và tinh khiết giống như trái đất. Ở đó, có hai nữ hoàng cùng tồn tại và có thể kiểm soát sức mạnh của nó. Khi chỉ còn một nữ hoàng tồn tại, thế giới rơi vào hỗn loạn. Một cậu bé và một cô bé đã phải đứng lên chống lại nữ hoàng để ...
Tiếp theo phần I, cũng bắt đầu với Jun Sakurada nhưng đã là một sinh viên đại học. Anh làm việc bán thời gian ở một hiệu sách. Tình cờ anh xem một quyển tạp chí có tên "How to make a girl"(tạm dịch : "Cách tạo ra búp bê"). Và câu truyện xưa lại tiếp tục....
Năm 2010, Seta Souji chuyển đến 1 thị trấn nhỏ và ở nhà chú cậu ta trong lúc ba mẹ đang làm việc ở nước ngoài. Tuy không thân thiện cho lắm nhưng cậu ta vẫn có vài người bạn, và họ cùng nhau đều tra về những vụ án mạng bí ẩn trong thị trấn.
