Ám Hành Ngự Sử xảy ra tại một vùng đất hư cấu ở Jushin, phỏng theo Triều Tiên thời phong kiến. Ở Jushin, đã từng có những đại diện bí mật của chính quyền được gọi là những ám hành ngự sử, những người cải trang đi du hành khắp đất nước. Họ được nhà vua giao nhiệm vụ tìm kiếm và trừng phạt những tên quan lại đồi bại, ăn hối lộ và mang lại công lí cho người dân.
Bối cảnh Nhật Bản và Triều Tiên khoảng thế kỷ 15-16, thời kỳ biến động lớn giữa hai nền văn hóa. Nhân vật chính là 2 tên tội phạm khét tiếng, một ở Edo, một ở Triều Tiên, bị đày lên một hòn đảo không hề được ghi lại trong sử sách được gọi là "Kyokudo". Hai nhân vật phản diện có cơ duyên gặp nhau và trở thành kỳ phùng địch thủ. Cốt truyện chỉ có thế, diễn biến mời xem sẽ rõ
