Sau khi đánh bại trùm cuối của thế giới ảo Alleyzard, Ohtorizawa Akatsuki trở về thế giới thực và cư ngụ tại tổ chức BABEL – 1 tổ chức bảo về những người được chuyển về từ thế giới bên ngoài. Akatsuki khi trở về còn mang theo con gái của trùm cuối Satan là Miu. Tại BABEL, cậu trạm trán với những người chơi khác có những sức mạnh siêu nhiên.
Một phần khác Geass câu chuyện trong đó số phận của Lelouch là mất tích sau khi bị tấn công bởi một cuộc đàn áp khủng bố, liệu anh ta có thể đã chết hoặc còn sống. Nunnally em gái cua Lelouch làm Geass và tăng sức mạnh để đọc những dòng của tương lai. Cô cũng có được một cơ thể mới và chiếm thí điểm một Knightmare Frame bất thường.
Ác quỷ Sword và thiên thần Ios là hai kẻ tử thù từ nhiều năm nay. Khi họ đang quyết chiến khốc liệt nhất, thì bị rơi xuống trái đất. Hai người nhập linh hồn vào hai anh em, Ios là anh và Sword là em.
