Sau khi mặt đất bị hủy hoại, nhờ những lời cầu nguyện của Thánh Maiden mà các thành phố của Aether Novus đã được bay trôi nổi trên bầu trời. Nhiều năm sau, khi những lời cầu nguyện của các Thánh Maiden bị dừng lại, một sự cố được gọi là "Gran Forte" đã xảy ra, làm thành phố bị ngăn cách và chia làm hai...
Naoya Kamitani là một nhóc hiếu thắng, đang rất hí hửng vì đã vượt qua biết bao nhiêu người để chen chân vào ngôi trường đại học danh giá nhất Kyoto. Cậu đã đặt mục tiêu là sẽ “đạt vị trí cao nhất học viện” (mỗi tội “cao nhất” theo… nghĩa đen) cho đến khi gặp một người đàn ông tên là Tsukui trên đỉnh tháp đồng hồ của trường, người biết mọi thứ. Tuy nhiên, những câu trả lời ông ta nắm giữ lại mang cái giá cao hơn cậu tưởng…
26 năm trước, tại lớp 3-3 của 1 trường trung học nọ, có 1 nữ sinh tên là Misaki. Cô ấy rất nổi tiếng trong trường vì giỏi học hành lẫn thể thao, lại là một cô gái rất tốt. Mọi người ai cũng yêu quý cô gái ấy. Rồi bỗng nhiên cô ấy mất sau 1 vụ tai nạn bất ngờ, không ai chấp nhận được sự thật này, mọi người đều cho rằng cô ấy vẫn còn sống, tới buổi lễ tốt nghiệp, 1 chuyện kỳ lạ đã xảy ra… Mùa hè năm 1998, một học sinh tên Kouchi ...
Con người gặp khó khăn trong việc tìm kiếm thức ăn, trong khi rác thải ra lại quá nhiều. Do đó các nhà khoa học đã chế tạo 1 sinh vật- 1 cỗ máy sinh học sống bằng cách ăn rác thải và sau đó sẽ bị giết làm nguồn cung cấp thức ăn cho con người. Nhưng mọi chuyện đã vượt ngoài tầm kiểm soát ở Tokyo...
