Ám Hành Ngự Sử xảy ra tại một vùng đất hư cấu ở Jushin, phỏng theo Triều Tiên thời phong kiến. Ở Jushin, đã từng có những đại diện bí mật của chính quyền được gọi là những ám hành ngự sử, những người cải trang đi du hành khắp đất nước. Họ được nhà vua giao nhiệm vụ tìm kiếm và trừng phạt những tên quan lại đồi bại, ăn hối lộ và mang lại công lí cho người dân.
Reiji Oozora là 1 cậu bá vô tích sự chẳng làm được việc gì ở trường và cả trong cuộc sống... Nhưng rồi 1 ngày cậu ta phải gánh trên vai 1 trách nhiệm hết sức nặng nề... "Bảo Vệ Trái Đất và 1 Hành Tinh xa lạ"... Câu chuyện bắt đầu và kết thúc khi con người mạnh mẽ lên đừng sống trong ảo vọng hãy mơ ước và biến nó thành thực... Rồi bạn cũng sẽ mạnh mẽ để gánh vác 1 cái gì đó...!!!
Cuộc đời mỗi người đều có một "mật mã sinh mạng" đặc biệt, điều đó quyết định bạn là người bình thường hay siêu phàm. Trên trái đất có hơn 6 tỷ người, trong đó chỉ có một số ít có sức mạnh vượt hơn người khác. Một tổ chức tập hơn hơn 999 người có mật mã sinh mạng đặc biệt, đứng đầu là Zero (ông ta có mật mã sinh mạng 000 người thường không thể có) cảm thấy mình phải có sứ mạng thần thánh, phải tìm diệt 666 người có mật ...