26 năm trước, tại lớp 3-3 của 1 trường trung học nọ, có 1 nữ sinh tên là Misaki. Cô ấy rất nổi tiếng trong trường vì giỏi học hành lẫn thể thao, lại là một cô gái rất tốt. Mọi người ai cũng yêu quý cô gái ấy. Rồi bỗng nhiên cô ấy mất sau 1 vụ tai nạn bất ngờ, không ai chấp nhận được sự thật này, mọi người đều cho rằng cô ấy vẫn còn sống, tới buổi lễ tốt nghiệp, 1 chuyện kỳ lạ đã xảy ra… Mùa hè năm 1998, một học sinh tên Kouchi ...
Naoya Kamitani là một nhóc hiếu thắng, đang rất hí hửng vì đã vượt qua biết bao nhiêu người để chen chân vào ngôi trường đại học danh giá nhất Kyoto. Cậu đã đặt mục tiêu là sẽ “đạt vị trí cao nhất học viện” (mỗi tội “cao nhất” theo… nghĩa đen) cho đến khi gặp một người đàn ông tên là Tsukui trên đỉnh tháp đồng hồ của trường, người biết mọi thứ. Tuy nhiên, những câu trả lời ông ta nắm giữ lại mang cái giá cao hơn cậu tưởng…
Theo chân nhân vật Kanoe Zouichi và Kanoe Fuyu (hệ thống trên xe), được cử đến bởi tổ chức đầy quyền lực Yion/Ion Green để giúp đỡ con người và chống lại sự lây nhiễm của virus N5S đang lan rộng khắp thế giới.
Tuy nhiên, sứ mệnh của họ bị ngăn cản bởi đội y tế công thuộc cục lực lượng đặc biệt, các thành viên của Yion lại đang bị bắt cóc.
Vậy liệu họ có hoàn thành sứ mệnh của mình? Và mục đích của Yion/Ion Green được thực hiện ? ...
