Ám Hành Ngự Sử xảy ra tại một vùng đất hư cấu ở Jushin, phỏng theo Triều Tiên thời phong kiến. Ở Jushin, đã từng có những đại diện bí mật của chính quyền được gọi là những ám hành ngự sử, những người cải trang đi du hành khắp đất nước. Họ được nhà vua giao nhiệm vụ tìm kiếm và trừng phạt những tên quan lại đồi bại, ăn hối lộ và mang lại công lí cho người dân.
Vào một đêm bi kịch, cung điện hoàng gia xảy ra cháy lớn, hoàng hậu bị phản bội và phải nhận cái chết thảm khốc. Giữa ngọn lửa hừng hực, hai người sống sót duy nhất đã trốn thoát, tuy nhiên một trong hai người - hoàng tử đã bị thương nặng. Theo lời chỉ dẫn, họ tìm kiếm sự giúp đỡ và trú ẩn tại lầu xanh của một kỹ nữ nổi tiếng.
