Ám Hành Ngự Sử xảy ra tại một vùng đất hư cấu ở Jushin, phỏng theo Triều Tiên thời phong kiến. Ở Jushin, đã từng có những đại diện bí mật của chính quyền được gọi là những ám hành ngự sử, những người cải trang đi du hành khắp đất nước. Họ được nhà vua giao nhiệm vụ tìm kiếm và trừng phạt những tên quan lại đồi bại, ăn hối lộ và mang lại công lí cho người dân.
Năm 2013,13 đứa trẻ được chọn từ khắp các quốc gia trên thế giới đã bay vào vũ trụ như những sứ giả của hòa bình. Nhưng khi trở về Trái đất đã có điều gì khác lạ ở chúng. Những ngưỡi xung quanh chúng liên tục bị giết và mất tích. Rốt cục, ngoài vũ trụ đã xảy ra truyện gì!?
Dana là một nhà khảo cổ học. Sau khi khai quật được một hiện vật, cô cho rằng trong thế giới này tồn tại Phù Thuỷ. Điều này cũng chứng minh rằng "những cuộc săn đuổi Phù Thuỷ" không phải là không có thật.
