Ám Hành Ngự Sử xảy ra tại một vùng đất hư cấu ở Jushin, phỏng theo Triều Tiên thời phong kiến. Ở Jushin, đã từng có những đại diện bí mật của chính quyền được gọi là những ám hành ngự sử, những người cải trang đi du hành khắp đất nước. Họ được nhà vua giao nhiệm vụ tìm kiếm và trừng phạt những tên quan lại đồi bại, ăn hối lộ và mang lại công lí cho người dân.
Shiho một thiên sứ vô phương cứu chữa (nói chung là dâm tặc) bị đày xuống trần gian, một ngày cậu gặp Mirrel - một thiên sứ tập sự, cậu được Mirrel kể lại về quá khứ của cậu, cậu có 1 cơ hội để quay trở lại thiên đường khi cậu làm được 100 việc tốt. Và câu chuyện bắt đầu...
"Phe ma quỷ chống lại quyền lực của Tòa thánhVatican lại trỗi dậy và bắt đầu việc ám sát những vị anh hùng được ca tụng trong cuộc Thánh Chiến. Tòa thánh Vatican phủ nhận điều đó và xử lý các vụ việc này như thể đó không phải là một sự trùng hợp ngẫu nhiên. Tuy nhiên, trong những năm đã trôi qua kể từ sau cuộc Thánh Chiến, có lời đồn đại rằng Đức Giáo Hoàng đã thành lập một tổ chức bí mật có tên là RADEM, với nhiệm vụ chống lại ma ...
